物語に深い広がりをもたらす『装甲騎兵ボトムズ』OVAシリーズの世界

94年には新章『赫奕たる異端』がOVAとして展開（全5話）。物語の舞台となるのは、キリコとフィアナが宇宙に旅立ってから32年後。ここでいよいよ物語は、テレビシリーズの後日談へと入っていく。
この時代では、キリコは異能生存体として認知されており、宗教結社マーティアルによって「触れ得ざる者」として扱われている。アストラギウス銀河において絶対的な存在となってしまったキリコと寿命が尽きてしまうフィアナとの悲恋、そしてマーティアルから派遣されてキリコを追う女性兵士・テイタニアとの関係を中心としたドラマが描かれていく。
父であるモンテウェルズ枢機卿の命を受けてキリコを追うテイタニア　（C）サンライズ

07～08年には再びテレビシリーズ以前の過去を舞台としたOVA『ペールゼン・ファイルズ』が発売（全12話／09年には劇場版が公開）。『野望のルーツ』とテレビシリーズの間を埋める物語であり、レッドショルダーの指揮官ではなくなったペールゼンが「異能生存体」に関する新たな計画を準備、キリコを含めて「生還率が高い兵士」を集めたバーコフ分隊メンバーたちがその陰謀に巻き込まれていくことになる。本作からATが3DCGで描かれるようになり、一段階進化した『ボトムズ』世界を描いたことにも注目の1作だ。
OVAシリーズにおける最重要人物とも言えるレッドソルジャー隊の創設者、ヨラン・ペールゼン　（C）サンライズ